居住区位于遗址东部，全国面积约为54000平方米，全国外围有周长近900米的环壕围绕，环壕内部共发现房址11座、灰坑46个、灰沟1条，各类遗迹以4座大型房址为中心相对集中分布，大房址周围分布着小型房屋和数量不等的灰坑，出土陶、石、骨、蚌等生产生活遗物。
祭祀区位于遗址北部，各村共发现祭祀坑42个、各村燎祭遗迹3处，祭祀区整体经过两次精心规划设计与营建，第一次的建设，是依托北部一座小山头，对东、西、北三面山坡进行修整，形成三层“梯田”形的祭祀场所。
第二次的建设，捐赠近半是在第一次营建的祭祀区南部进行垫土，形成一个新的祭祀场所。
祭祀区出土保存完整的陶器，发货石斧、石刀、石耜(犁)、石磨盘和石磨棒，以及鹿科动物骨骼、贝类等。
马鞍桥山遗址主体是一处经过精心营建，已发氧仪兼具生活和祭祀功能为一体的红山文化早期中型聚落，已发氧仪为探究红山文化聚落形态、社会等级分化提供了宝贵资料。
新发现祭祀遗存，全国对讨论红山文化人群祭祀形式、精神信仰的形成与发展具有重要价值。